Dal 1998 Antigone è autorizzata dal Ministero della Giustizia a visitare i quasi 200 Istituti penitenziari italiani. Sono oltre 90 le osservatrici e gli osservatori di Antigone autorizzati a entrare nelle carceri con prerogative paragonabili a quelle dei parlamentari. Alcuni possono farlo in tutto il territorio nazionale, altri solo nella loro regione di provenienza. Tutte persone da noi appositamente formate e che si sono assunte un impegno volontario. Dopo ogni visita, gli osservatori redigono un report che descrive le condizioni strutturali, il clima detentivo, il rispetto della legislazione penitenziaria e altre caratteristiche salienti della struttura visitata. Tutte le informazioni contenute nei report sono verificate dagli osservatori e aggiornate al giorno della visita, e confluiscono nel rapporto sulle condizioni di detenzione in Italia pubblicato ogni anno da Antigone.
Dal 2012 Antigone guida un Osservatorio europeo sulle condizioni di detenzione finanziato dall'Unione Europea, che coinvolge a oggi tredici paesi. L'Osservatorio europeo nasce da un antico progetto di Antigone che aveva visto già dal lontano 2000 i primi accordi con alcuni partner e i primi studi. Oggi è una realtà che opera a pieno regime, con un lavoro di ricerca comparata sui sistemi penitenziari dei Paesi coinvolti e con un'attività di advocacy che mira a influenzare le politiche penali e penitenziarie nazionali e sovranazionali e a rafforzare i meccanismi di tutela dei diritti umani nei luoghi di detenzione.
Dal marzo 2008, Antigone ha allaragato la attività dell'Osservatorio anche ai minori, chiedendo e ottenendo dal Dipartimento della Giustizia Minorile l’autorizzazione per 16 volontari all’ingresso negli Istituti di pena per minori presenti sul territorio nazionale. Dal dicembre 2017, Antigone pubblica il sito di informazione e analisi sulla giustizia penale minorile italiana www.ragazzidentro.it. All'interno di tale contenitore confluiscono i Rapporti periodici dell'Osservatorio sulle carceri minorili, che si è imposto sempre più in questi anni quale punto di riferimento per i media, per l’opinione pubblica e per le stesse istituzioni nella conoscenza e nella elaborazione sulla detenzione minorile. I Rapporti di Antigone si compongono di schede informative relative a tutti gli Ipm d'Italia, video, gallerie fotografiche, infografiche, capitoli di approfondimento schede relative a comunità che accolgono ragazzi dell'area penale.